Подскажите утилиту
 

Сразу по делу, для починки файлов avi закодированых xvid/divx кодеком существует такая прекрасная утилита DivFix++.
Есть ли подобные утилиты для починки и вырезания ошибок из vob файлов?

Попробуйте Avidemux. Обычно, при открытии файла с поврежденным индексом она сама предлагает его перестроить, если не предложила, нажмите "Перестроить I&B кадры" в меню сервис. Сохраните файл прямотоковым копированием.

Не помогло, при кодировании в другой формат появляется десинхронизация звука и видео.

Перекодировать было не нужно. Проследите, чтобы в пунктах Audio и Video стояло Copy, а в меню Format выберите, например, Mpeg-PS (A+V).
Если опять не получится, то попробуйте это:
http://www.realconvert.com/all_media_fixer_2008_pro.htm

При попытке сохранить файл авидемукс вылетает.

Фиксер этот вообще ничего не делает, он тупо сканирует файл (мой 255 мб) минут 15 и сохраняет новый с таким же размером с точностью до байта.
Ради интереса скормил ему ави-файл с ошибками, divfix++ в нём нашёл 3 ошибки, а этот all media fixer тоже тупо просканил не найдя ошибок, хотя в настройках всё включил я.

Мне нужно скодировать свой файл в другой формат, но из-за этой ошибки в нём любая прога которой кодирую либо вылетает либо кодирует с десинхронизацией звука и видео.
Может есть ещё какие-нибудь утилиты подобные all media fixer, только которые реально фиксят файл а не тупо убивают время на его сканирование без толку.

Есть такая прога MOVAVI videosuite, ну с любыми файлами работает:)