Перевод имен файлов (папок) в верхний регистр
 

Перевод имен файлов (папок) в верхний регистр.

Может ли он привести к неработоспособности какой-либо установленной программы или какого-либо процесса инсталляции? (я имею в виду опер. системы Windows)

В MS Windows регистр имён не имеет значения. (имена Привет.txt и привет.txt указывают на один файл)
так что можно изменять. Правда непонятно - зачем это нужно?

Если нужно - меняйте. "Православная" ОС на это дело внимания не обращает