Ntfrs работает не так как я хочу
 

Предыстория.
Жили - были два КД. Работала Ntfrs между ними и было все хорошо. Дополнительному КД стало плохо. Переустановил его но до уровня КД поднимать не стал.
Перед переустановкой линки Ntfrs не удалял, забыл про Ntfrs :(
До переустановки работало 3 линка. Настроены были в ручном режиме с 1КД на 2КД, для бекапа файлов.

Решил восстановить Ntfrs. И вот какая штука получилась.
Линки на 1КД остались, поправил линки на 2КД разшарил каталоги(восстановил былую структуру).
1 линк отработал как и предполагалось.
Остальные два линка тянут реплику в обратную сторону, игнорируя настройку репликации.

Что это может быть? Как с этим боротся?

uptk,
Может быть, Вы имеете в виду DFS?

Точно. Именно ее.
Вот какая штука обнаружилась. Если изменить имя линка(отличный от старого), то реплика работает как надо в правильную сторону. По крайней мере на одном из проблемных линков это помогло.
Значит где-то в реестре есть мусор о старых линках и из-за этого получается такая каша.

Попробуйте следующее:
MUP Cache
The multiple UNC provider (MUP) cache stores information about which redirector, such as DFS, SMB, or WebDAV, is required for each UNC path that a client computer attempts to access. Entries in the MUP cache are held for 15 minutes. You can use Dfsutil.exe /PurgeMupCache parameter to clear the MUP cache. This might be necessary when a folder is changed from an SMB shared folder to a WebDAV or DFS root folder or vice versa.
How DFS Works
Также есть утилита dfscmd.