Долгая загрузка HDD.
 

MotherBoard - JetWay M26GT3-SVP или ASROCK AM2NF6G-VSTA
Video Card - NVIDIA NF6100-405 MCP
HDD - 1. Seagate 500gb 2. Seagate 120gb(Стоит винда на диске C:(C:=50gb)) 3. Maxtor 160gb

При загрузке Windows XP Sp3, после перечисления надписей биоса (HDD, Ide Master и т.д.),
перед появлением загрузочного экрана Windows Xp с ползуном стоит черный экран с мигающим курсором
в виде _ в левом верхнем углу с продолжительностью около 30 секунд. Потом появляется экран
загрузки Windows.

Такая проблема была после того как системник лежал на боку, соответственно и жесткие диски лежали
не в правильном положении. При первой загрузке черный экран был около 1 минуты, после того как
поставил его на место, черный экран стал видимым только 30 сек. Раньше этот черный экран с курсором был окло 3 сек.
Вот сегодня переустановил винду, и все равно такая же проблема.
Раньше все было хорошо, как только полежал на боку все стало вот так как описал выше.

Как это исправить?

положить на другой бок :)

Выполните chkdsk системного диска отметив обе галки для начала, если никаких изменений не произойдет просканируйте поверхность системного диска программой Victoria или MHDD на предмет обнаружения медленных секторов.

после chkdsk еще медленее стал загружаться. Хорошо попробую проверить этими программами, а что делать потом?

в зависимости от того каков будет результат будем думать.
Кстати такое бывает когда не хватает мощности блока питания, поэтому отсоедините все лишнее оставив лишь один ж/д с системой и пробуйте грузиться.