После апгрейда с XP до Vista оказались две папки Documents - какой пользоваться
 

В моем профиле (в Проводнике) получились две папки Документы , с разными источниками (если смотреть в Far) :
1) C:\Users\kefi\Documents\
и
2) C:\Users\kefi\Desktop\Documents\ - папки "Мои рисунки" и "Моя музыка" не пустые в отличие от таких же в C:\Users\kefi\Documents\

и разным по объему содержимым - КАК это можно объяснить ?

Папки физически разные на диске. Какую нужно удалить, какую оставить ?

эта, думаю, лишняя - держать документы на рабочем столе - верх недальновидности. Скопируйте в C:\Users\kefi\Documents\ ее содержимое (нужное), предварительно став владельцем, а затем удалите ее с рабочего стола.
P.S. Проблему нужно объяснять внятно сразу, чтобы ваши темы не закрывали.