как сделать чтобы при запуске EXPLORER открывалась папка не мои документы, а другая

Сойства EXPLORER-а в поле Target поменяй параметр My Documents на нужную папку. Если есть пробелы в пути, пиши его в кавычках.

Смотря в каком Windows. В 98/Me делается по-одному, в 2000/XP по другому. Напиши точно какой.

Да, кстати, а как это в 2000-ой делается?

Вроде можно сделать следующее....
В Propreties shortcut'а на Explorer, меняем target %SystemRoot%explorer.exe на %SystemRoot%explorer.scf. После этого, открываться будет не My Documents, а корневой каталог системного диска. Кроме этого, можно в свойствах ярлыка для Explorer прописать в Target:
%SystemRoot%\explorer.exe /e,c:\ (вместо c:\ можно указать любой другой путь).
После этого открываться будет не My Documents, а корневой каталог диска С или указанная директория