Server terminal и Клиенты
 

Есть сервер под упровлением 2003 r2, он является терменальным сервером.

Как сделать контроль учёта интрернет трафика пользователей ? (то есть, есть пользователь terminal1,terminal2......terminalX. Надо отследить, какой пользователь сколько съедает трафика)

Подключение интернета к серверу произведено на прямую.

Traffic inspector, прокси-сервер

В Керио есть считалка трафика, и он итнегрируется с AD, т.е. там можно именно мести статистику по доменным пользователям именно, но сам не пробовал так делать

Прокси не вариант, рассмотрю вариант трафик инспектором или юзер гейтом.

может кто сталкивался на просторах интернета с интструкцией как там правильно настроить ?

PERMYAK, подсчет трафика на терминальном сервере - задача не тривиальная. Посмотри темы, связанные с этим.