model tempdb
 

какой размер файлов *.mdf и *.ldf для баз tempdb и model лучше выставить (интересует initial size). Так же интересует параметр Autogrowth, прочитал много статей все советуют по разному, кто-то говорит ставить в %, а кто-то определенное количество МБ. Поделитесь опытом. Следует ли выполнять shrinkdatabase(TEMPDB) или она сама по себе сожмется до начального размера(например за ночь, когда ничего на сервере не выполнялось)?

А зачем вообще трогать эти базы? Вы их используете напрямую?
Я всегда ставлю в % - и не парюсь с постоянными проверками размера файла. Надо - увеличит.
Если есть желание, можно запихать в планировщик выполнение команды и забыть про нее.

в большинстве случаев лучше ставить в МБ - рост у БД, как правило линейный. Увеличение файла на n мегабайт всегда потребляет примерно одинаковые ресурсы. Увеличение на m процентов с каждой итерацией требует всё больше ресурсов - т.е. поведение сервера плохо прогнозируется