Как остановить скрипт, пока юзер не закроет всплывающее окно?
 

Нужно реализовать такой алгоритм :
В форму вводятся данные, скрипт проверяет их и показывает результат в сплывающем окне (window.createPopup). Юзер закрывает окно и в диалоге confirm нажимает Да или Нет. Проблема: всплывающее окно закрывает мгновенно и сразу выводится confirm. Что делать?

Не очень ясна последовательность действий....
Лучше кусок кода напишите..

var p=window.createPopup();
var pbody=p.document.body;
pbody.style.backgroundColor="";
pbody.style.border="solid black 1px";
pbody.innerHTML=act_pop();
p.show(10,10,1000,screen.height,document.body);
if (confirm ("?"))
{alert("d")}
}

act_pop() возвращает строку html-кода, без "if (confirm ("?")) {alert("d")}" выводится всплывающее окно с таблицей

А зачем выводить диалог подтверждения???

Можно сделать вот как:

pbody.innerHTML = 'Содержимое <br> <BUTTON onclick="alert(\'ДА\');">ДА</BUTTON> <BUTTON onclick="alert(\'НЕД\');">НЕД</BUTTON>';

А в обработчике ставите свою функцию...

Надеюсь, что я правильно понял то, что Вы хотите...

Кстати, насколько я понял Этот скрипт будет работать ТОЛЬКО В IE!!!

Сделал пока так:
скрипт сохраняет даные из формы в html-файл на диск, вызывает showModalDialog с этим файлом как аргумент.
Деревянно, но понятно
Зато пришлось отключать LOCKDOWN в SP2.

Алгоритм:
1. Скрипт открывает pop-up окно
2. Параллельно запускает таймер
3. При закрытии того окна таймер останавливается (скажем, каждые 100 мс проверяется его присутствие)
4. Если в таймере набежало меньше, чем нужно - значит делаем выводы.

Скрипт пишите сами. Я сейчас не в состоянии)