[jameszero]

dimmell
Файлы хотфикса при "корректной" (с точки зрения YourUninstaller) очистке реестра не удаляются. На работу системы такая очистка не скажется.

А с остальными не наблюдается, полагаю потому, что до разработчиков YourUninstaller дошло, что записи в ветке HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\ иногда носят не столько функциональный, сколько информативный характер.
Хотфиксам для Windows, установленным с ключом /nobackup, программу обучили (возможно, по наличию в реестре записи "ParentKeyName" "OperatingSystem"), а остальные варианты хотфиксов не сочли нужным проработать.