[EgOrus]

snark
если на установленную систему то можно написать хитрый батник или скрипт (например на autoit или nsis), который бы вычитывал все значения SID, которые по числу символов больше 10 из HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\ProfileList (этим отсекаются системные) и прописывал каждому юзеру в \\\Registry\HKEY_USERS\S-1-5-21-%SID%\Software нужные настройки.
Если нужно, есть подобный пример кода на NSIS.
можно как-нибудь по другому сделать, например написать cmd-стартер который бы при первом запуске проверял наличие у текущего юзера ветки реестра и если её нет импортировал настройки в реестр а потом запускал саму программу