1)
<xsl:stylesheet version="1.0" xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform">
<xsl

utput method="xhtml" encoding="windows-1251" indent="yes"/>
по стандарту в XSL 1.0 нету method="xhtml" есть только method="html"
2) вы уверены что у вас исходные шаблон в правильной кодировке?
3) вы уверены что процессор подгружает шаблон исходя из правильной его которовки? может он рассчитывает что шаблон в UTF-8?