Ну так какие проблемы? Форматируйте, устанавливайте, загрузка с CD вам понадобится всего раз - вначале установки Windows Server 2003, при первой перезагрузке поствите загрузку с HDD и все.
Почитайте потом:
Windows 2003 на домашнем компьютере
Руководство по настройке Windows 2003 Server, как рабочей станции
ну в принципе раздел
Windows 2003 у нас на сайте
