[bredych]

Или позволили приложениям задавать приоритеты диска и они все забирают на себя. Почему система фоновым приложениям, которые свернуты не выделяет меньший приоритет, чем активным?! Ведь с процессором так можно делать. »

А это есть такая настройка - отдавать приоритет программам или фоновым приложениям.
С линя не найду, где, но это где-то недалеко в меню advanced system settings должно быть
Если вы это не руками сделали сами, то каким-либо оптимизатором, не суть важно. Верните и перепроверьте.