не посредственно в самой автоматической инсталяции с CD такого сделать нельзя .
(IMHO не додумка самой M$, интерфейс пользователя/функциональность есть, а автоматически использовать нельзя).
Но можно поступить немного по другому.
Делаем пункт загрузки, загружаемся в ДОС, разбиваем автоматом диск на заданные партиции, форматируем в FATх и запускаем инсталяцию. Как отформатировать в NTFS не первый диск, народу узнать не удалось. Либо тот кто узнал не хочет признаваться

.
Еще один вариант это использование WINPE для форматирования и инсталяции.