Если тупо сплошная нумерация без учета сортировки по датам и подпапкам
Код:

@Echo Off
cls
Set "BoxIn=Z:\Box_In"
Set "Mask=VP-BAI_20*_*.tsc"
Set "NewExt=txt"
Set /A N=0
FOR /F "usebackq delims=" %%f IN (`2^>nul Dir "%BoxIn%\%Mask%" /B /A:-D /S`) DO (
FOR /F "tokens=1,2 delims=_" %%c IN ("%%~nf") DO Call :MyRen "%%f" "%%c" "%%d"
)
Exit /B
:MyRen
Set /A N+=1
Set "dd=%~3"
Ren %1 "%~2_%dd:~6,2%.%dd:~4,2%.%dd:~0,4%.%N%.%NewExt%"
Exit /B