[megaloman]

buravchik256, Мысли вслух

(1)--- В первую поступает файл-запрос
Имя файла?
(2)--- этот файл удаляется из папки
По моему скромному мнению этот файл просто удалять нельзя, его надо во время обработки скопировать (или переместить) в третью архивную папку. О чем сделать запись в лог-файл. Не может быть, что он сначала удаляется, а потом обрабатывается, как это Вы описали.
(3)--- во вторую папку выкладывается файл-ответ.
Чем запускается обработка? Имя файла? ИМХО, обработка должна запускаться батником, и это действие должно попасть в лог-файл.
(4)--- проконтролировать что на поступивший запрос в течение определенного времени поступил ответ
Это можно сделать, если имя файла-ответа каким-то образом соответствует файлу-запроса. Иначе только анализом лог-файла.
В лог-файле запись типа: Время, взяли файл-запрос(имя), получили файл-ответ(имя). Это может быть реализовано в п. (3)

Подозреваю, файл-ответ тоже не должен задерживаться в папке, он должен куда-то уйти? То есть, факт его формирования должен быть сразу же зафиксирован в лог-файле.
Надо больше инфы о задаче ...