[Oleg Krylov]

один сервер отвести под EDGE. »

Смысл в дублировании остальных ролей, если вы оставляете узкое место на точке входа\выхода почтовых потоков?

Best Practices for Virtualizing & Managing Exchange 2013 »

Лучший Best Practice по виртуализации - ее отсутствие, т.к. вы создаете в этом случае Single Failure Domain - гипервизор. А в вашем случае два таких домена: гипервизор и ОС вашего комбайна Exchange. Любая ошибка в ОС, где установлен Exchange приведет к полной неработоспособности сервиса, при этом VM останется высокодоступной. PLA (Product-Line Architecture) рекомендует отказаться от виртуализации в пользу дешевых серверов и отказоустойчивости на уровне приложения.
Я рассказывал об этом на MVP Community Day в этом году (http://www.techdays.ru/videos/7717.html). Если смотреть внимательно, то видно, что оригинал доклада принадлежит Борису Лохвицкому, ведущему архитектору Microsoft в отношении Exchange.
В вашем случае, я бы использовал первую схему, как схему с более высокой надежностью. При этом, если у вас нет возможности обеспечить отказоустойчивость Edge - лучше отказаться от него совсем.
Если виртуализации совсем уж очень хочется, то тогда два гипервизора, и их не нужно кластеризовать, потому что вы завяжетесь сразу на два SFD - хранилище, которое общее, и Failover Cluster Service, который может после неудачного обновления уронить все машины в Unsupported Cluster Config и не дать им стартовать, 4 VM (2MBX+CAS и 2EDGE), и запретить им съезжаться на один хост. Т.е. отключить высокую доступность на уровне Hyper-V, и оставить обработку отказа Exchange, он с этим справляется значительно лучше, просто поверьте.