я бы просто в ярлыке деинсталляции и секции реестра подставил /SILENT
Код:

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\app_is1]
"UninstallString"=""T:\\app\\unins000.exe /SILENT""
только править этот ключ надо в секции Run
Код:

Filename: reg.exe; Parameters: /f add HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\app_is1 /v UninstallString /t REG_SZ /d {app}\unins000.exe /SILENT; StatusMsg: сообщение; Flags: runhidden waituntilterminated