[Vadikan]

Разрешения наследуются. Убедитесь, что у родительской папки (диска) верные разрешения, и они наследуются правильно при ручном создании папок. Потом укажите программе на эту папку.

[dimka_dodge]

Права на папку проверял, менял все дочерние разрешения.
Не помогает.

Другие программы в этой же папке создают файлы с другими нормальными разрешениями.

Пока что пришлось установить другую программу сканирования. В эту же папку создает нормальные файлы.

Чисто из любопытства хотелось бы узнать в чем проблема у проблемной программы.

[Avatar-Lion]

в чем проблема у проблемной программы »

Можно через Process Explorer посмотреть дочерние процессы утилиты сканирования или через Process Monitor посмотреть что и куда она складывает. Возможно, изначально файлы сканируются куда-то в другое место, а потом уже перемещаются в целевую папку, но с неправильными разрешениями.

[x0r]

потому что этот сканер(программа) работает через драйвер или службу свою. У них такие стоят права, вот и файлы создаются от имени этой службы\драйвера. Ничего удивительного.
"Общей" делать надо, не прям ту самую папку, а другую(расшаренную и снужными правами, которые будут выставлены на файлы при копировании в неё), в которую надо будет скопировать\переместить файлы. Или долбить афтаров той самой программы, чтоб они правили программу.