[Den30lv]

почему файлы в виде dll.res »

Специально сделано, для уменьшения размера в сжатом виде, что Вам не нравится?!

А можно по подробнее каким таким образом делать, просто замена ресурсов? »

Почитайте ка для начала тему... затем тупо создаёте SFX-инсталлятор, который стартует на Т-13 и запускает _patch.cmd.
Для модифицированного модуля 7-zip файл конфигурации примерно такой:

Код:

;!@Install@!UTF-8!
GUIMode="2"
InstallPath="%windir%\\winstyle"
RunProgram="hidcon:_patch.cmd"
;Delete="%windir%\\winstyle"
;!@InstallEnd@!

Перед созданием SFX-инсталлятора, некоторые значения в _patch.cmd и в WSConfig.inf можно изменить под себя, а также удалить из папки Patches, ненужные Вам ресурсы.

Файлы не под защитой Винды »

Установщик на живую отключает защиту SFC.

я думал непосредственно в самом дистре обновить... »

Для этого нужно из пропатченной системы достать около 500-т модифицированных файлов и заменить их в дистрибутиве, учитывая ещё то, что некоторые из них отличаются по названию, а также вывести их из списка защищённых. IMHO - это мало-реально.