может быть уже не актуально, но:
Win 7 x64. была установлена предыдущая версия пака (без C++ 2010 x64 10.0.40219)
при попытке установить sqlite-netFx40-setup-bundle-x64-2010-1.0.81.0.exe (берется
тут),
инсталлер запустил установку C++ 10.0.40219 и, ругнувшись на невозможность установить, предложил закончить ни с чем.
выкачал новый пак, удалил все - поставил. инсталлер sqlite больше не пытался установить рантайм и установка прошла без проблем.