Спасибо за ответ.
К концу для всё же удалось, вроде как, победить эту напасть, делал следующее:
1. Смотрим информацию о таблицах базы
SHOW TABLE STATUS from <database_name>;2. Ищем самые жирные таблицы (у меня это были alerts, history, history_uint) и удаляем их
USE <database_name>;
TRUNCATE TABLE <table_name>;т.к. у меня база была без innodb_file_per_table
пришлось делать следующее (взято отсюда (http://dba.stackexchange.com/questions/8982/what-is-the-best-way-to-reduce-the-size-of-ibdata-in-mysql)):
4. Делаем бекап базы
mysqldump -u admin -p <database_name> > /home/admin/dump.sql5. Удаляем все базы кроме схемы (information_schema)
drop database <database_name>;6. Останавливаем mysql
/etc/init.d/mysqld stop7. Добавляем в /etc/my.cfg
innodb_file_per_table
innodb_flush_method=O_DIRECT
innodb_log_file_size=1G
innodb_buffer_pool_size=4Gтут точно по всем параметрам не читал, взял из линки, если есть замечания, буду раз услышать их.
8. Удаляем файлы ibdata1, ib_logfile0 и ib_logfile1
rm /var/lib/mysql/ibdata1
rm /var/lib/mysql/ib_logfile0
rm /var/lib/mysql/ib_logfile19. Запускаем mysql
/etc/init.d/mysqld startфайлы ibdata1, ib_logfile0 и ib_logfile1 должны создаться
8.7. Заливаем дамп обратно в базу предварительно создав её
mysqladmin -u admin -p create <database_name>
mysql -u admin -p <database_name> < /home/admin/dump.sql8.8. запускаем zabbix
/etc/init.d/zabbix start